Nutzung des Clusters

Benutzung des Clusters

Empfehlung: Um den Lichtenberg-Hochleistungsrechner schnell und effizient nutzen zu können, empfehlen wir allen neuen Nutzerinnen und Nutzern die Teilnahme an der „Einführung für Nutzerinnen und Nutzer des Lichtenberg-Hochleistungsrechners“.

Login-Knoten

Zugang zum Cluster für die Nutzer ist ausschließlich über die Loginknoten möglich – eine aktuelle Liste verfügbarer Loginknoten finden Sie hier.

Public Key

Ciphers, MACs, Kex Algorithms, Host Key Algorithms

Zur Zeit gibt es zwei Typen von Loginknoten – die des Lichtenberg 1 (CentOS 7) und die des LB 2 (CentOS 8) – bitte nutzen Sie die desjenigen Teilclusters, für das Sie Ihre Software übersetzen und Jobs abschicken wollen.

Nutzer der Maschine loggen sich über ssh auf einem dieser Loginknoten ein und stellen ihre Rechenaufträge (=Jobs) in eine Warteschlange (=Queue) ein. Dabei müssen die benötigten Ressourcen (zum Beispiel Speicherbedarf, Anzahl der Kerne, Dauer des Ressourcenbedarfs) angegeben werden.

Passwort: Ihr (initiales) Login-Passwort und wie Sie es ändern.

Die Loginknoten sind nicht für „produktive“ Rechnungen gedacht!

Da sie der Gesamtheit aller Benutzer des Clusters zur Verfügung stehen müssen, sind sie nur für

  • Vorbereiten und Abschicken von Jobs
  • Datentransfers zum und vom Cluster
  • kurze Testläufe Ihrer Software
  • Debugging von Programmen
  • Statusabfragen Ihrer Jobs

zu nutzen.

Da die Loginnodes im öffentlichen und frei erreichbaren Internet stehen, müssen wir von Zeit zu Zeit (Sicherheits-) Updates installieren. Das geschieht ggf. kurzfristig (30 Minuten Vorwarnzeit). Rechnen Sie daher nicht mit einer dauerhaften Verfügbarkeit aller Loginnodes!.

Warteschlangensystem Slurm

Das Rechnen im Cluster wird über das Slurm-Batchsystem organisiert. Slurm berechnet, wann und auf welchen der Rechenknoten der Auftrag gestartet wird. Dabei werden unter anderem der Bedarf an Ressourcen, die Wartezeit des Auftrags und die Priorität des zugeordneten Projektes berücksichtigt.

Die Aufträge werden vom Batch-System auf einem (oder falls so angefordert, mehreren) der Rechenknoten gestartet.

Um den Rechenauftrag (=Job) an Slurm zu übergeben, wird ein Batch-Script benötigt. Dieses Script enthält die

  • Anforderung an Ressourcen in Form von #SBATCH … pragmas und
  • die Abfolge von Kommandos und Programmen, die die eigentliche wissenschaftliche Berechnung ausführen.

Das „Batch-Script“ (oder Jobscript) ist eine einfache Textdatei (mit UNIX-Zeilenenden!), die man entweder am eigenen PC erzeugt und dann auf den Loginknoten überträgt. Unter Windows empfehlen wir dazu „Notepad++“, das man vor dem Speichern eines Batch-Scripts mittels „Bearbeiten“ – „Format Zeilenende“ auf UNIX (LF) umstellen muss.

Oder man legt das Script gleich mit UNIX-Editoren direkt auf dem Loginknoten an, womit man den o.a. potentiellen Ärger mit falschen Zeilenenden von vornherein vermeidet.

Weitere Informationen zu

finden Sie in diesem Kapitel.