Compiler und Bibliotheken

Compiler und Bibliotheken

Die folgende Liste wird laufend ergänzt und aktualisiert. Die jeweils aktuellen Versionen können Sie mit dem Kommando „module avail“ jederzeit anzeigen lassen. Zur Zeit (22.05.2019) sind installiert:

Compiler und Programmierumgebungen

GNU Compiler Collection (GCC)

Intel Parallel Studio XE Cluster Edition (inkl. Intel MKL, Intel MPI, etc.)

LLVM (clang)

CUDA

GlobalAarrays (GA) http://hpc.pnl.gov/globalarrays/

IntelMPI Teil des Intel Parallel Studio

Java: Open JDK

NAG Fortran Compiler

OpenMPI mehrere Versionen jeweils für GCC und für Intel Compiler https://www.open-mpi.org/

Python (inkl. numpy scipy matplotlib ipython jupyter pandas h5py keras tensorflow torch)

QT

Compileroptionen

Es gibt je nach Compiler verschiedene Optionen für beste Performance.
Wir empfehlen die nachfolgenden Parameter zu setzen:

Intel Compiler: '-O2 -march=sandybridge -mtune=haswell '

GNU Compiler: '-O2 -march=sandybridge -mtune=haswell '
Die Optionen '-Ofast' oder '-O3' sind auch möglich. Allerdings können diese Optimierungen bei einigen Programmen Probleme verursachen.

Einige ältere Compilerversionen verwenden evtl. die Optionen -march=corei7-avx -mtune=core-avx2.

Numerische und andere Bibliotheken

Blis

Boost https://www.boost.org/

Eigen

FFTW http://fftw.org/

GNU Scientific Library (GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/

HDF5 https://portal.hdfgroup.org/display/support

Hypre

Intel Math Kernel Library (MKL) (innerhalb des Intel Studios, s.o.)

Lapack http://performance.netlib.org/lapack/

LibFlame

LibM

NAG Libraries

Netcdfhttps://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/

OpenBLAS http://www.openblas.net/

PETSc mit Modulen https://www.mcs.anl.gov/petsc/